Menigheten i Pyongyang
31 oktober fikk disiplene hans beskjed om at de kunne komme og hente ham. De ble dypt sjokkert over synet som møtte dem. Han lå halvdød foran fengslet. Klærne var fulle av størknet blod. Da de brakte ham hjem med seg, kastet han opp så mye blod at de trodde han ville dø.
Men som ved et mirakel begynte pastor Moon etter tre uker å vise tegn på at han var i ferd med å komme seg. Han begynte snart å preke igjen. I desember ble Sae Hyeon Ok (kona til en presbyteriansk diakon), Dal Ok Chong (datter av en metodist-prest) og Sang Soon Cha disipler. I januar flyttet pastor Moon hjem til Chong Hwa Kim og hennes mann Myung Seon Chong og begynte å holde møter der. Til da var møtene blitt holdt hjemme hos Na-familien, som tilhørte Paek Mun Kims kirke. Seung Do Chi, som kom fra en presbyteriansk kirke og senere fulgte Sun Myung Moon til Sør-Korea, ble medlem. Pastor Moon bygde i 1947 opp en menighet på omtrent 40.
Andre kirker begynte å forfølge ham og disiplene hans fordi det ble kjent at de trodde han var den nye Kristus. De andre kirkene så på ham som en vranglærer og bestemte seg for å stoppe ham. De skrev brev fulle av falske anklager (til sammen ca 80 slike brev) til de kommunistiske myndighetene, som dermed fikk en kjærkommen anledning til å slå ned på nok en religiøs gruppe. 22 februar 1948 ble pastor Moon arrestert sammen med sin daværende hoveddisippel Chong Hwa Kim, samt Sae Hyeon Ok, Weon Pil Kim og en ung kvinne. De tre sistnevnte ble løslatt etter noen dager med forhør.
Den farseaktige rettsaken mot pastor Moon fant sted 7 april. Kommunistene beskrev den som «saken mot Jesus som var kommet på skyene for å frelse folket». Hele menigheten til pastor Moon var der sammen med mange andre kristne og medlemmer av kommunistpartiet. Han sto anklaget for å spre løgner, lure penger fra folk og ødelegge samfunnets orden. Aktor gjorde narr av pastor Moon, noe de kristne i salen høylydt satte pris på. «Hvordan kom du ned til Jorden?» spurte aktor. «På skyene eller med fly? Hva hadde du på deg? Jesus hadde en tornekrone. Hva med deg?» Rettsaken var en viktig del av kommunistenes anti-religiøse kampanje. Pastor Moon ble dømt til fem års straffarbeid. Chong Hwa Kim fikk atten måneder. Hun fikk senere straffen redusert til ett år. Hun kunne imidlertid aldri forstå hvorfor Gud ikke kunne forhindre at pastor Moon ble fengslet hvis han virkelig var Messias. Hun mistet troen og forlot bevegelsen.
