Døperens mangel på tro på Jesus blokkerte veien for resten av folket, slik at bare noen få fiskere og tollere kunne akseptere ham som Messias. Derfor ble Jesus nødt til å bygge sitt eget fundament, uavhengig av de religiøse lederne. Etter hvert som motstanden mot Jesus og hans lille gruppe ble sterkere, måtte han til slutt gi sitt liv. Det samme gjentok seg i Sør-Korea i 1946. Pastor Moon ble nødt til å gå korsets vei.
Gud ba ham om å dra til Nord-Korea, et land som allerede var raskt i ferd med å bli kommunistisk. Det var der det virkelige fundamentet hadde eksistert. Det var der pastor Moon ble født. En stor kristen gruppe hadde til og med forberedt et eget hus for Det annet komme, for de visste at han ville bli født her på Jorden og komme til Korea etter landets befrielse fra japanerne.
Men amerikanerne hadde allerede gitt halve den messianske nasjonen til Stalin. Han innsatte Kim Il Sung, som raskt begynte å innføre et ateistisk, anti-religiøst diktatur. Da pastor Moon kom til Pyongyang sommeren 1946, var lederne av den mest forberedte gruppen allerede i fengsel. Pastor Moon ble selv arrestert anklaget for å være en sør-koreansk spion. Han gjorde et fortvilet forsøk på å kontakte de utvalgte kristne lederne i fengselet, men ble oppdaget og torturert!
Det var et mirakel at pastor Moon overlevde. Da de som torturerte ham, endelig trodde han var død, kastet de ham ut i snøen utenfor politistasjonen i Pyongyang. En av hans disipler fikk en åpenbaring der hun ble bedt om å gå sju ganger rundt politistasjonen. På den sjuende gangen fant hun pastor Moon mer død enn levende der i snøen. Hun brakte ham hjem og begynte å pleie ham og gi ham urtemedisin. Men det var få som trodde han ville overleve. De begynte forberedelser til begravelsen.
Men han kom seg. Han begynte å forkynne igjen og bygde opp sin egen menighet i Pyongyang. I februar 1948 ble han arrestert igjen. På samme måte som de religiøse lederne på Jesu tid anklaget Jesus overfor myndighetene, gjorde lederne for de etablerte kirker i Pyongyang det samme mot pastor Moon. De etablerte kirker følte seg nemlig truet av Sun Myung Moon etter at flere av deres mest aktive medlemmer sluttet seg til ham. De anti-religiøse kommunistiske myndighetene fikk således et påskudd til å arrestere ham. Etter en farse av en rettssak ble han dømt til fem års straffarbeid i en konsentrasjonsleir. Ingen overlevde denne leiren!
Likevel holdt Sun Myung Moon ut der i to og et halvt år. Han greide å bygge opp en gruppe med disipler, selv om det ikke var tillatt å snakke sammen i denne dødsleiren. I oktober 1950 klarte Gud å befri pastor Moon da FN-styrkene bombet området der han ble holdt fanget.
Etter noen strabasiøse måneder til fots fra Pyongyang i Nord-Korea ned til Pusan, helt sør på den koreanske halvøya, begynte pastor Moon igjen å bygge et fundament for å lykkes med den oppgaven Jesus hadde gitt ham. Dette var midt under Koreakrigen. Han var en flyktning i et av verdens fattigste land på den tiden. Han sto helt uten penger. Han var utmagret av sult og hadde ikke spist et godt måltid på nesten tre år.
Med egne hender bygde han og en av de første disiplene en hytte laget av stein, ved og kartongesker på en åskam i utkanten av Pusan i 1951. Derfra begynte bevegelsen hans igjen å vokse.